1. Gamtinės dujos gali būti skirstomos į laisvąją būseną, ištirpusią būseną, adsorbuotą būseną ir kietąjį hidratą pagal fazinę būseną, esančią po žeme. Tik laisvos gamtinės dujos gali būti sukurtos ir panaudotos po to, kai jas sukaupus gamtinių dujų rezervuarui suformuoti.
2. Gamtinės dujos pagal egzistavimo ir susidarymo formą gali būti skirstomos į asocijuotas ir nesusijusias dujas.
Susijusios dujos: naftos telkinių dujos, gaminamos tuo pačiu metu kaip žalia nafta, kartu su žalios naftos simbioze. Susijusios dujos paprastai yra laki žalios naftos dalis, kuri egzistuoja dujų pavidalu virš naftą turinčio sluoksnio. Jo yra visose dariniuose su žalia nafta, tačiau skiriasi naftos ir dujų santykis. Netgi naftos ir gamtinių dujų šaltiniai tame pačiame naftos telkinyje nebūtinai yra tie patys. Jie surenkami į tą patį uolienų rezervuarą skirtingais būdais ir skirtingais procesais.
Nesusijusios dujos: apima grynas dujų telkinio gamtines dujas ir kondensacines dujų lauko gamtines dujas, kurios abi yra dujinės formacijos formoje. Kondensato dujų lauke esančioms gamtinėms dujoms ištekėjus iš šulinio galvutės iš formacijos, sumažėjus slėgiui ir kylant temperatūrai, jos yra atskiriamos į dvi fazes. Dujų fazė yra kondensato dujų lauko gamtinės dujos, o skystoji fazė yra kondensato skystis, vadinamas kondensato alyva. Jei tai nesusijusios dujos, jos neturi nieko bendra su skysčių kaupimu ir gali būti gaminamos iš augalinės medžiagos. Pasaulyje' gamtinių dujų gamyba daugiausia yra dujų telkinių dujos ir naftos telkinių dujos. Dabar vis daugiau dėmesio skiriama metano anglies dugnu gavybai.
3. Pagal gamtinių dujų atsargų būklę dar skirstomos į tris rūšis: struktūrines gamtines dujas, vandenyje tirpias gamtines dujas ir anglies kasyklų gamtines dujas. Struktūrinės gamtinės dujos gali būti skirstomos į šlapias gamtines dujas, pagamintas iš žalios naftos, ir į sausas gamtines dujas be skystųjų komponentų.
4. Gamtinės dujos pagal genezę gali būti skirstomos į biogenines, naftos ir anglies dujas. Labai vertinamos neorganinės dujos, ypač ne angliavandenilių dujos.
5. Pagal gamtinių dujų atsiradimą po žeme jas galima suskirstyti į naftos telkinių dujas, dujų telkinių dujas, kondensato dujas, vandenyje tirpias dujas, anglies sluoksnio dujas ir kietąjį dujų hidratą.
